Ma per l'apertura passano anche il malefico Dottore e i suoi spietati robot: anche la Danville della prima dimensione rischia così di essere assoggettata alla tirannia di Doofenshmirtz. Phineas e Ferb decidono allora di riunire tutte le loro invenzioni passate per contrastare i robot dopo che Perry li manda nella sua base segreta dove mostra di aver "salvato" tutti i loro progetti realizzati. Alla fine della battaglia coi robot, insieme ai loro amici, riescono a rispedire il malvagio Dottor Doof, nella sua dimensione grazie anche all'intervento di Doof che ritrova il vecchio giocattolo la cui perdita aveva fatto diventare cattivo il suo alter-ego della seconda dimensione (ed anche in certo senso grazie anche a Candace che, convinta che la forza misteriosa farà sparire tutto, va a chiamare sua madre, che è in un cinema insieme al marito non accorgendosi di quello che succede all'esterno, facendo così realizzare la solita scena). Doofenshmirtz viene arrestato al ritorno della sua dimensione e gli alter-ego di Phineas e Ferb possono riabbracciare il loro Perry mentre Candace consiglia alla sua alter-ego di dedicarsi adesso al Jeremy Johnson della sua dimensione (anche lui era un membro della resistenza).
Danville è salva ma resta un problema: Perry, avendo rivelato la sua identità segreta, sarà costretto ad allontanarsi da Phineas e Ferb. Carl, però, ha un'idea: utilizzando una vecchia invenzione del Dottor Doofenshmirtz potranno cancellare la memoria a tutti ed i ragazzi accettano di dimenticare pur di poter restare con Perry. Un attimo prima che ciò avvenga, Isabella, che non vedeva l'ora di farlo, ne approfitta per baciare Phineas. Le vite dei ragazzi ritornano quindi a scorrere normalmente come se nulla fosse mai successo. L'unico a conservare il ricordo della vicenda sarà Perry che, per non dimenticarsene mai, salverà sul suo computer le varie fotografie che ha scattato durante tutta questa straordinaria avventura.