La battaglia per la salvezza della Terra è giunta al termine, ma quella per l’universo è appena iniziata. Dopo il ritorno a Cybertron, Starscream assume il comando dei Decepticon e decide di tornare sulla Terra con la forza. Nel frattempo gli Autobot, che credevano che la pace fosse ormai definitiva, scoprono che il cadavere di Megatron è stato trafugato e riportato in vita da Skorpinox.