Quando muore la zia Eleonora, la famiglia di Natanaël eredita una casa sulla scogliera. Una volta preso possesso della casa per le vacanze estive, Nat scopre di aver ricevuto in dono un'intera biblioteca piena dei testi originali di quelle favole che la zia era solita raccontargli. Il problema è che Nat non sa ancora leggere e di tutti quei libri non sa che farsene, finché non scopre che questi nella notte si animano e che i loro personaggi escono dalle pagine e prendono vita. Un giorno, per poter pagare alcune riparazioni della casa, i genitori prendono la decisione di vendere tutti i libri al gretto rigattiere Ramazzatutto, al che l'unica soluzione per Nat per salvare i suoi personaggi è dimostrarsi un eroe e vivere un'avventura come quella dei racconti che ama.
Il cinema, e in particolar modo il cinema d'animazione, ha attinto in talmente tante occasioni dal corpus di fiabe della storia della letteratura da contrarre un debito nei confronti di questa. Debito che ha col tempo, anche giocando sulla propria maggiore popolarità e sul robusto immaginario creato dalle rappresentazioni disneyane, cercato di ripagare attraverso storie fantastiche che, qualora in modo intelligente, altre volte più banale, si proponessero come un invito alla lettura, rappresentando la letteratura come un mondo magico. Rispetto ad altre storie di questo tipo, Nat e il segreto di Eleonora non si inscrive né in un quadro di epica fantasy (come in La storia infinita, Pagemaster o il più recente Inkheart) né poggia sulla carica eversiva, demenziale e post-moderna di Shrek.