Thomas Creo è rispettivamente un conquistador, uno scienziato e un astronauta che vuole vincere la morte e salvare la donna che ama, Isabel: una scrittrice, una regina, un pensiero fatto albero di vita. Il viaggio epico di Thomas ha inizio nella Spagna del sedicesimo secolo, governata da Isabella e minacciata dal Grande Inquisitore, prosegue nello studio di un biologo del ventunesimo secolo e termina con un esploratore del futuro in viaggio verso Xibalba, una nebulosa lontana. Tre storie, un personaggio e un solo amore per tre periodi temporali che confluiranno davanti all'Albero della Vita, una pianta leggendaria la cui linfa dona a chi la beve la vita eterna.
La ricerca dell'immortalità diventa una corsa contro il tempo per salvare il proprio amore. Ma è la morte l'unica via percorribile per ricongiungersi all'amata. Tutti vorremmo vivere per sempre ma nessuno ha più accesso diretto all'Albero della Vita, così facciamo i conti con la morte, la nostra e quella delle persone care. Darren Aronofsky prova a riflettere su questo desiderio di eternità ideando un racconto decisamente innovativo che attraversa lo spazio e il tempo alla ricerca della Fontana della Giovinezza. L'idea del regista è più magica che religiosa, il Thomas sospeso nella bolla è un mago divinatore che interroga le forze che governano il mondo per salvare chi lo abita. Il suo spirito, innalzato dalla disciplina (quella militare e quella scientifica), è al di sopra del mondo materiale ed esprime una cosmologia fantastica, sostenuta da scenografie ed effetti visivi squisitamente new age.