2411: dopo che un virus ha sterminato il 90% della razza umana, i superstiti si ritrovano a vivere a Bregna, una città sottoposta alla dittatura della famiglia Goodchild. In un mondo in cui tutto sembra funzionare alla perfezione, Aeon Flux, alla guida di un gruppo di anarchici, lotta per dimostrare che la realtà è ingannevole e cerca di vendicarsi dello sterminio della sua famiglia per mano di agenti governativi…