Le sorelline Satsuke e Mei (11 anni la prima, 4 la seconda) si trasferiscono insieme al padre in una nuova casa, in campagna, in attesa che la madre venga dimessa dal vicino ospedale. Per le due bambine inizia un viaggo alla scoperta di un nuovo mondo, abitato da creature fantastiche: dai nerini del buio, spiritelli della fuliggine che occupano le vecchie case abbandonate, visibili solo agli occhi dei bambini, a bufi esseri di pelo di varie dimensioni, tra cui Totoro, una creatura grigia e morbida dall'aspetto un pò pittoresco, una sorta di incrocio tra un orso e un grosso gatto.