Il film inizia esattamente dove finiva il primo. Per rinfrescare la memoria a chi non ricorda bene cosa fosse successo nel primo episodio, durante la sigla iniziale Alice fa un veloce riassunto di quello che è successo in precedenza: il furto del T-virus e la successiva strage all’interno dell’Alveare, fatta dal computer centrale per evitare il propagarsi del virus stesso; – l’arrivo di una squadra di recupero e la scoperta di quello che era realmente accaduto…