Queste mosse, a lungo pianificate da una forza ancora misteriosa ma potente, portano all'inizio della guerra dei Cloni - e all'inizio della fine della Repubblica. Per contrastare questa minaccia incombente, il Supremo Cancelliere Palpatine, che continua a consolidare il suo potere, autorizza la creazione di un Grande Esercito della Repubblica che aiuti i Jedi, che rischiano di venir sopraffatti. In questo scenario così fosco, i nostri eroi - Obi-Wan Kenobi, Padmè Amidala e Anakin Skywalker - si ritrovano insieme per la prima volta dal conflitto tra la Federazione del Commercio e il pianeta di Padmè, Naboo.