Phineas e Ferb: Missione Marvel è uno speciale -crossover di circa 40 minuti dove Phineas e Ferb si ritroveranno ad unirsi a quattro fra i più amati supereroi Marvel (Hulk, Iron Man, Thor e ovviamente Spider-man) contro altri quattro fra i peggiori supercattivi e Heinz. Nel fermare il piano di Doofenshmirtz di assorbire i poteri del fratello, poteri puramente politici, come inaugurare edifici, aumentare le tasse, ecc…