È una giornata tranquilla in Giappone, quando una strana fontana d'acqua erutta nella baia, provocando il panico, che si diffonde anche tra i funzionari di governo. Inizialmente si pensa a un'anomala attività vulcanica, ma un giovane dirigente osa chiedersi se possa trattarsi di qualcosa di vivo. Il suo incubo peggiore prende vita quando un mostro emerge dal profondo e comincia a seminare distruzione per la città. Mentre il governo cerca di salvare i cittadini, una squadra di volontari cerca di scoprire la debolezza della creatura. Ma il tempo non è dalla loro parte: la più grande catastrofe mai abbattutasi sul mondo evolve e lo fa davanti ai loro occhi.
Con Shin Godzilla il Re dei Mostri torna in patria e nell'era post Fukushima ricomincia da capo. Un remake voluto dalla storica casa di produzione Toho.