Nel 1980 Paolo Borsellino viene incaricato dell'istruttoria e delle indagini iniziate dal capitano dei carabinieri Basile, ucciso a sangue freddo a Palermo dopo aver consegnato un dossier sulle attività delle varie cosche mafiose, in particolare di quella dei Corleonesi capeggiata da Totò Riina. Si istituisce una squadra - che costituirà il famoso pool antimafia - e Borsellino pensa immediatamente ai giudici Chinnici e Falcone e ai giovani commissari Montana, Cassarà, Di Lillo e Guarnotta. Le indagini del pool portano a due chimici francesi, assoldati per raffinare un'enorme quantità di morfina acquistata in Turchia e destinata ad essere rivenduta come eroina. Si scopre poi che le più importanti banche sono coinvolte nel riciclaggio del denaro proveniente dallo spaccio della droga. Mentre i magistrati e i loro collaboratori mettono in luce una rete sempre più fitta, la loro vita privata viene sempre più esposta a minacce. Tutti loro, e le loro famiglie, vengono messi sotto scorta e la loro vita cambia radicalmente. Paolo Borsellino, accusato dalla moglie e dai suoi figli di non essere più presente in famiglia come prima, vede la sua figlia maggiore, Lucia, ammalarsi sempre più gravemente di anoressia. Quando il giudice Chinnici rimane vittima di un attentato dinamitardo, Lucia, che era molto legata anche a lui, peggiora e tutto il pool cade in preda alla paura. Il giudice Caponetto chiede di essere trasferito da Firenze a Palermo e, avendo saputo dell'arresto del capomafia palermitano Buscetta, fuggito in Brasile per salvarsi dalle faide in atto, suggerisce a Falcone di contattarlo per ottenere la sua collaborazione in qualità di pentito. Buscetta accetta e le sue rivelazioni portano all'arresto di molti mafiosi e Falcone e Borsellino ottengono di istituire un maxiprocesso. Sono stati svelati, però, troppi segreti e mentre i commissari Montana e Cassarà vengono uccisi, i due magistrati sono costretti a trasferirsi in Sardegna, nel carcere di massima sicurezza dell'Asinara, dove continuano a lavorare all'istruttoria. Il maxiprocesso, tenuto in un'aula-bunker, porta al rinvio a giudizio di settecento imputati. Falcone e Borsellino decidono di ricominciare le loro indagini dal piccolo centro di Mazara del Vallo, in provincia di Trapani, sede degli scambi mafiosi tra la Sicilia e gli Stati Uniti. Nel novembre 1991, Falcone lavora al progetto di una Super Procura Centrale e Borsellino indaga a Marsala, dove è stato trasferito dopo essere stato nominato procuratore, e viene a sapere da un pentito di essere nel mirino della mafia. Lui, i suoi sostituti e i cinque uomini della scorta, sono tutti in pericolo di vita. Quando il suo collega, e amico, Falcone viene ucciso da un attentato dinamitardo mentre percorre in macchina il tragitto autostradale che lo porta dall'aeroporto di Punta Raisi a Palermo, Borsellino, consapevole che gli rimane poco tempo, decide di proseguire le indagini iniziate da Falcone. Arriva la notizia dell'arrivo di un carico di dinamite destinato a lui e della presenza di Totò Riina a Palermo per cui Borsellino decide di congedare i suoi cinque uomini di scorta, ma loro rifiutano. Tra i suoi collaboratori ci sono due traditori. La morte attende lui e la sua scorta in via D'Amelio il 19 luglio 1992, dopo una visita alla sua anziana madre.